Jezioro Hańcza położone jest w północno-wschodniej części Polski, w pasie Nizin Środkowoeuropejskich, na Pojezierzu Wschodniosuwalskim na 54o16’18.1’’ szerokości geograficznej północnej i 22o48’51.5’’ długości geograficznej wschodniej, na wysokości 227,3 m.n.p.m.. Akwen znajduje się na obszarze rezerwatu przyrody „Jezioro Hańcza”, wchodzącego w skład Suwalskiego Parku Krajobrazowego. Administracyjnie Jezioro Hańcza położone jest w północnej części województwa podlaskiego, na terenie powiatu suwalskiego, w gminie Przerośl.
Lokalizacja jeziora Hańcza (Majewski L., Rydzewski J.)
Jezioro Hańcza jest najgłębszym jeziorem w Polsce i w całej środkowej części Niżu Europejskiego. Powierzchnia jeziora wynosi 304 ha, wymiary - 4550 m x 1150 m, głębokość: średnia - 38,7 m, maksymalna -106,0 m.(Sokołowski 1996).
Trzeba dodać, iż różne źródła podają rozbieżne informacje dotyczące największej wartości głębokości. Podawane, maksymalne głębokości wynoszą od 105 m do 111,5 m, a nawet do 113 m. Dane statystyczne podają maksymalną głębokość na poziomie 108,5 m (Rocznik statystyczny RP GUS Warszawa 2008r.). Problemy z ustaleniem głębokości wynikają z kilku czynników. Przede wszystkim dokładność metod i procedur pomiarowych. Zasadniczym elementem jest też brak informacji, przy jakim poziomie lustra wody ustalane były maksymalne wartości głebokosci.
Dno jeziora jest piaszczysto-żwirowe, urzeźbione licznymi rowami, dołami, górkami i stromymi wąwozami o znacznym nachyleniu (około 12 stopni). Miejscami płycizny sięgają do 50 m od brzegu jeziora, w innej części jeziora brzeg opada bardzo gwałtowanie. Jest to typowe jezioro polodowcowe rynnowe, powstałe dzięki erozyjnej i akumulacyjnej działalności lodowców, wąskie, długie, wcięte głęboko w podłoże, o przebiegu południkowym i prostopadłe do ciągów moren czołowych. Linia brzegowa jest średnio rozwinięta. Długość linii brzegowej wynosi około 11 km. Brzegi jeziora (szczególnie zachodnie) są w większości wysokie i strome, urozmaicone malowniczymi zatokami i półwyspami.