Przygotowanie projektu profili ma na celu systematyczne pokrycie sondowanego akwenu na całej jego powierzchni systemem linii w taki sposób, aby zebrane w czasie prac dane pomiarowe zapewniły zobrazowanie zmian ukształtowania dna zbiornika, wykrycie przeszkód podwodnych i miejsc niebezpiecznych. W morskich pomiarach głębokościowych pomiary sondażowe projektuje się na tzw. planszetach zdefiniowanych przez współrzędne lewego dolnego rogu i prawego górnego rogu planszetu. Na tak zdefiniowanym prostokątnym lub kwadratowych obszarze projektuje się linie profili pomiarowych do nawigacji w trakcie zbierania danych. W przypadku pomiarów batymetrycznych zbiorników śródlądowych, obszar do pomiaru głębokościowego jest zazwyczaj określony poprzez linię brzegową danego zbiornika wodnego. Dlatego przed przystąpieniem do wykonania projektu profili sondażowych należy wykonać pomiar linii brzegowej, a następnie wykonać cyfrową mapę sytuacyjną zawierającą granice zbiornika wodnego. Terenowy pomiar linii brzegowej można zrealizować przy pomocy sytuacyjno - wysokościowych pomiarów Total Station, lub z wykorzystaniem satelitarnych metod DGPS lub RTK. Pomiary satelitarne wymagają jednak czystego horyzontu, a zbiorniki wodne, w szczególności jeziora, posiadają w dużej części brzegi zalesione, co w dużym stopniu utrudnia lub całkowicie uniemożliwia wykorzystanie systemu GPS. Istnieje jeszcze jeden sposób na wykonanie cyfrowej mapy linii brzegowej zbiornika wodnego.
Wykorzystując istniejące mapy topograficzne (np. w skali 1:10 000), można przeprowadzić digitalizację linii brzegowej, a następnie zwektoryzować ją i opracować w postaci cyfrowej. Można także wykorzystać zdjęcia lotnicze i satelitarne. Na przygotowanym elektronicznym podkładzie mapowym, biorąc pod uwagę położenie geograficzne obiektu, projektuje się główne linie profili do pomiarów głębokościowych. Profile mogą być oddalone są od siebie o 5 do 50 metrów w zależności od ukształtowania dna zbiornika oraz celu wykonywania pomiaru.. Opracowany projekt profili pomiarowych umożliwia systematyczne pokrycie sondowanego akwenu, śledzenie drogi i nawigację jednostki pływającej podczas wykonywania pomiaru jeziora.
Wyznaczanie pozycji jednostki pływającej w trakcie pomiarów oraz jej nawigacja po wcześniej zaprojektowanych profilach za pomocą satelitarnej metody pozycjonowania DGPS wymaga założenia lokalnej stacji referencyjnej w pobliżu mierzonego obiektu. Aby zapewnić dobre warunki satelitarne, czyli możliwość śledzenia możliwie jak największej liczby satelitów nad horyzontem, należy wybrać odpowiednie miejsce, najlepiej na wzniesieniu lub górze pozbawionej zalesienia i innych zasłon terenowych, lub ewentualnie na dachu budynku. Prawidłowy wybór miejsca dla stacji referencyjnej zapewni ciągłą obserwację satelitów, ale także może poprawić zasięg transmitowanych poprawek korekcyjnych poprzez radiomodem. Współrzędne lokalnej stacji referencyjnej wyznacza się zazwyczaj na podstawie pomiarów statycznych GPS w dowiązaniu do sieci punktów Aktywnej Sieci Geodezyjnej ASG-EUPOS.
Po wyznaczeniu współrzędnych stacji referencyjnej należy skonfigurować odbiorniki satelitarne do pracy w trybie DGPS lub RTK. Po sprawdzeniu prawidłowości działania systemu satelitarnego pozycjonowania można przystąpić do prowadzenia sondażu hydroakustycznego na zbiorniku wodnym.